针灸科是于年由全国著名中医针灸专家吴棹仙教授创建，创建初期就拥有吴棹先、余仲权、李仲愚等一批全国著名的针灸专家，现有四川省十大名中医粱繁荣，四川省名中医胡玲香、李季、李应昆等知名针灸专家。科室以“”首席科学家梁繁荣教授为学术技术带头人，现有主任医师8人，副主任医师6人，拥有医、护、治团队共46人。科室目前已经建设成为国家中医管理局确定的“四川省中医康复服务能力规范化建设示范中心”、四川省针灸临床研究中心、四川省重点专科，是西南地区针灸临床、教学、科研中心。科室先后承担和参与国家计划项目、国家自然科学基金等国家级科研项目28项，省部级科研项目25项，多项成果获省、市级科技进步奖，发表学术论文多篇，学科带头人牵头制定了《贝尔面瘫针灸临床实践指南》。
针灸科由病房、门诊、康复治疗中心三大功能部门组成。目前病床开放76张（治未病大楼8楼），门诊诊断室8间（治未病大楼4楼），康复中心1层（治未病大楼7楼），治疗区面积约0㎡，包括传统康复治疗区与现代康复治疗区，设置有综合治疗室、灸疗室、埋线室、康复评定室、运动疗法区、作业疗法区、蜡疗室、微波治疗室及认知言语治疗室等。拥有专业康复治疗师团队及先进的康复治疗设备。
科室采用针刺、灸、拔罐、埋线等中医传统疗法结合现代康复医学的运动疗法、作业疗法、认知功能训练、言语功能训练、吞咽功能训练，物理因子治疗等现代康复技术，擅长治疗中风偏瘫、脊髓损伤、面瘫等神经系统疾病导致的各种功能障碍与颈腰椎疾病、肩周炎等疾病，在西南地区享有盛誉。
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